Bài viết gốc đăng tại hticlaw.vn — Công ty Luật HTIC.
Doanh nghiệp bị truy thu, ấn định thuế: khiếu nại & khởi kiện thế nào?
Tóm tắt: Sau kiểm tra hoặc thanh tra, không ít doanh nghiệp nhận quyết định truy thu, ấn định thuế và xử phạt với số tiền lớn mà mình cho là chưa thỏa đáng. Pháp luật cho phép doanh nghiệp phản đối bằng hai con đường: khiếu nại hành chính và khởi kiện tại Tòa án. Bài viết phân tích cơ sở pháp lý của ấn định thuế (Điều 49–52 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14), trình tự khiếu nại theo Luật Khiếu nại 02/2011/QH13 và khởi kiện theo Luật Tố tụng hành chính 93/2015/QH13.
1. Truy thu thuế và ấn định thuế khác nhau thế nào?
Truy thu thuế là việc cơ quan thuế thu thêm số tiền thuế mà doanh nghiệp đã kê khai thiếu hoặc chưa nộp, trên cơ sở chứng từ, sổ sách của chính doanh nghiệp. Ấn định thuế là việc cơ quan thuế tự xác định số thuế phải nộp khi doanh nghiệp không kê khai, kê khai không đầy đủ, hoặc hồ sơ không đủ căn cứ tin cậy. Theo Điều 49–52 Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14, ấn định thuế phải bảo đảm khách quan, đúng pháp luật và căn cứ trên cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế.
2. Xử phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp đi kèm
Cùng với truy thu, ấn định, doanh nghiệp thường bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 310/2025/NĐ-CP (ban hành ngày 02/12/2025, hiệu lực từ 16/01/2026). Ngoài tiền phạt, doanh nghiệp còn phải nộp tiền chậm nộp tính trên số thuế thiếu.
3. Quyền giải trình trước khi có quyết định cuối cùng
Trước khi ban hành kết luận và quyết định xử lý, cơ quan thuế thường gửi dự thảo kết luận để doanh nghiệp giải trình. Doanh nghiệp nên tận dụng tối đa quyền giải trình bằng văn bản, kèm chứng từ, để điều chỉnh nội dung bất lợi ngay từ giai đoạn này.
4. Con đường thứ nhất — Khiếu nại hành chính
- Thời hiệu khiếu nại: 90 ngày kể từ ngày nhận được hoặc biết được quyết định hành chính (Điều 9 Luật Khiếu nại 02/2011/QH13).
- Khiếu nại lần đầu: gửi đến chính người đã ban hành quyết định.
- Khiếu nại lần hai: nếu không đồng ý kết quả lần đầu, khiếu nại lên cấp trên trực tiếp hoặc khởi kiện ra Tòa án.
5. Con đường thứ hai — Khởi kiện tại Tòa hành chính
- Thời hiệu khởi kiện: 01 năm kể từ ngày nhận được hoặc biết được quyết định hành chính (Điều 116 Luật Tố tụng hành chính 93/2015/QH13). Trường hợp đã khiếu nại đúng quy định, thời hiệu là 01 năm kể từ ngày nhận được quyết định giải quyết khiếu nại hoặc kể từ ngày hết thời hạn giải quyết khiếu nại mà không được giải quyết.
- Lựa chọn linh hoạt: doanh nghiệp có thể khởi kiện thẳng ra Tòa hoặc khởi kiện sau khi khiếu nại không đạt kết quả.
6. Lưu ý về nghĩa vụ nộp thuế trong thời gian khiếu nại, khởi kiện
Việc khiếu nại, khởi kiện không đương nhiên làm dừng thi hành quyết định hành chính về thuế. Nếu chưa nộp đủ số tiền theo quyết định, doanh nghiệp có thể bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 (như trích tiền từ tài khoản, ngừng sử dụng hóa đơn).
7. Cảnh báo ranh giới hình sự
Khi số tiền thuế bị xác định là trốn từ 100 triệu đồng trở lên đối với cá nhân, hoặc từ 200 triệu đồng trở lên đối với pháp nhân thương mại (hoặc thấp hơn nhưng đã bị xử phạt hành chính hoặc kết án về hành vi liên quan), vụ việc có thể bị xem xét theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi, bổ sung 2017). Việc chủ động khắc phục, nộp đủ tiền thuế và có phương án pháp lý sớm là yếu tố quan trọng để giảm thiểu rủi ro.
8. HTIC hỗ trợ doanh nghiệp khiếu nại, khởi kiện về thuế
Công ty Luật TNHH HTIC — thành lập năm 2011, hơn 15 năm kinh nghiệm, văn phòng tại Khu Phú Mỹ Hưng, Quận 7, TP.HCM — hỗ trợ doanh nghiệp: đánh giá tính có căn cứ của quyết định truy thu, ấn định, xử phạt; soạn văn bản giải trình, đơn khiếu nại; đại diện làm việc với cơ quan giải quyết khiếu nại; và đại diện khởi kiện tại Tòa hành chính.
9. Câu hỏi thường gặp (FAQ)
Q1. Thời hiệu khiếu nại và khởi kiện về thuế là bao lâu?
Khiếu nại: 90 ngày kể từ ngày nhận quyết định (Điều 9 Luật Khiếu nại 02/2011/QH13). Khởi kiện hành chính: 01 năm kể từ ngày nhận quyết định hoặc quyết định giải quyết khiếu nại (Điều 116 Luật Tố tụng hành chính 93/2015/QH13).
Q2. Có bắt buộc khiếu nại trước khi khởi kiện không?
Không bắt buộc. Doanh nghiệp có thể khởi kiện thẳng ra Tòa, hoặc khiếu nại trước rồi mới khởi kiện nếu chưa thỏa đáng.
Q3. Đang khiếu nại có phải nộp tiền truy thu không?
Khiếu nại, khởi kiện không đương nhiên dừng thi hành quyết định. Nếu chưa nộp, doanh nghiệp có thể bị cưỡng chế. Cần cân nhắc phương án theo tư vấn của luật sư.
10. Liên hệ HTIC
- Công ty Luật TNHH HTIC — Khu Phú Mỹ Hưng, Quận 7, TP.HCM.
- Hotline: 0379 044 299.
- Zalo: tư vấn nhanh — phản hồi trong 15 phút làm việc. Nhắn “TRUY THU THUẾ + tên doanh nghiệp + tóm tắt quyết định + ngày nhận”.
Bài viết HTIC tổng hợp – Cập nhật 21/05/2026.
